استراتژی‌های تعیین ژنوتیپ انتخابی گاوهای ماده در برنامه‌های انتخاب ژنومی با شبیه‌سازی جمعیت گاو شیری

Authors

  • النا دهنوی گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه صنعتی اصفهان
  • فلاویو شنکل مرکز بهبود ژنتیکی دام (CGIL)، دانشگاه گوئلف، انتاریو، کانادا
Abstract:

زمینه مطالعاتی: افزودن اطلاعات ژنوتیپی و فنوتیپی گاوهای ماده به جمعیت مرجع، راهبردی سودمند در افزایش میزان صحت و کاهش اریب برآورد ارزش اصلاحی ژنومی ارزیابی شده است. هدف: مطالعه حاضر تأثیر بکارگیری داده­های ژنومی گاوهای ماده در جمعیت مرجع توسط استراتژی­های متفاوت انتخاب، تعداد افراد ژنوتیپ شده و وراثت­پذیری بر صحت و اریبی ارزش اصلاحی ژنومی را در جمعیت تأیید مورد بررسی قرار داد. روش کار: پس از ایجاد جمعیت اولیه، جمعیت­های ثانویه و اصلی به­صورت روش چهار مسیری مشابه به­نژادی گاو شیری شبیه­سازی شد. سپس تعداد متفاوتی از گاو ماده (2500، 5000 و 10000 ماده) جهت افزودن به جمعیت مرجع حاوی 5000 گاو نر برتر تعیین ژنوتیپ گردید. دو سطح وراثت­پذیری متوسط (3/0) و پایین (05/0) به­طور مستقل در این مطالعه درنظر گرفته شد. نتایج: انتخاب گاوهای ماده جهت ژنوتیپ کردن با درنظر گرفتن صحت برآورد ارزش اصلاحی (AH و ATT)، ضمن صحت بالاتر، میانگین مربعات خطا و اریب کمتری را نسبت به انتخاب بدون درنظر گرفتن صحت (H و TT) نشان دادند. انتخاب گاوهای ماده با روش ATT، به­طورکلی برای دو صفت منجر به بیشترین افزایش صحت برآورد ارزیابی ژنومی در محدوده 123/0 تا 215/0 شد. به دنبال آن روش­های R و TT به ترتیب بیشترین افزایش صحت ارزیابی ژنومی را داشتند. بدین­صورت افزایش صحت در محدوده 117/0 تا 204/0 در روش R و 113/0 تا 196/0 در روش TT مشاهده شد. تعیین ژنوتیپ گاوهای ماده با حداکثر ارزش اصلاحی (AH و H) منجر به کمترین صحت و بیشترین خطا و اریب گردید. با افزایش تعداد گاوهای ماده ژنوتیپ شده، MSE و اریب کمتر شد. متوسط ضریب رگرسیون TBV بر روی DGV در همه روش­های مورد مطالعه از 12/1 با 2500 گاو ماده به 08/1 با 10000 ماده برای صفت با وراثت­پذیری متوسط رسید. نتیجه­گیری نهایی: در میان روش­های مورد بررسی در این مطالعه افراد موجود در دو دامنه توزیع ارزش اصلاحی با حداکثر صحت کاندیداهای خوبی از افراد جامعه جهت تعیین ژنوتیپ و قرارگیری در جمعیت مرجع به­نظر می­رسند و اطلاعات بهتری را برای پیش­بینی افراد نسل بعد با هر نوع سطح ژنتیکی فراهم می­کنند.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

مقایسه روش های مختلف آماری در انتخاب ژنومی گاوهای هلشتاین

Genomic selection combines statistical methods with genomic data to predict genetic values for complex traits.  The accuracy of prediction of genetic values ​​in selected population has a great effect on the success of this selection method. Accuracy of genomic prediction is highly dependent on the statistical model used to estimate marker effects in reference population. Various factors such a...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

تأثیر راهبرد‌های مختلف انتخاب حیوانات گروه مرجع بر درستی ارزیابی ژنگانی برای صفات با وراثت‌پذیری متوسط در جمعیت گاو شیری

یکی از پرسش‌های مطرح در زمینة ارزیابی ژنگانی (ژنومیک)، تأثیرگذاری یا تأثیرگذار نبودن استفاده از حیوانات برتر به‌عنوان گروه مرجع، بر درستی ارزش اصلاحی برآوردی کاندیدای انتخاب است. در این تحقیق درستی ارزیابی ژنگانی در شرایطی که تنها حیوانات برتر در جمعیت مرجع بودند (راهبرد1) با شرایطی که حیوانات گروه مرجع نمونه‌ای تصادفی از جمعیت بودند (راهبرد2) و شرایطی که این گروه از بین برترین و ضعیف‌ترین حیوا...

full text

تعیین برخی عوامل مؤثر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن ژنوتیپی برای استفاده در مطالعات رابطه‌یابی سراسری ژنومی در گاوهای شیری

در این مطالعه اثر دو راهبرد متفاوت، تأثیر رابطۀ خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیت‌های آزمون، و اثر فراوانی آلل نادر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن با استفاده از جمعیتی شبیه‌سازی‌شده، بررسی شد. جمعیت مرجع حاوی 1000 فرد و جمعیت‌های آزمون حاوی 500 فرد بود. ژنوتیپ افراد در جمعیت مرجع با دو تراشه تعیین شد. تراشۀ اول تراشه‌ای متراکم حاوی 75000 SNP به اضافۀ QTLهای مؤثر بر صفات بود. تراشۀ دوم، تراشه‌ای با تراکم...

full text

بررسی اثر اندازه جمعیت مرجع و تراکم نشانگرها در ارزیابی ژنومی جمعیت شبیه سازی شده گاو شیری

اهداف این رساله، بررسی میزان خطای امپیوت و تاثیر آن بر قابلیت اعتماد ارزش اصلاحی ژنومی برآورد شده (gebv) حیوانات جمعیت آزمون، زمانی که ژنوتیپ های 6000 نشانگر snp به الگوی 50000 نشانگر با استفاده از نرم افزار fimpute امپیوت می شوند و همچنین بررسی تاثیر توسعه جمعیت مرجع بوسیله تعداد متفاوت ماده-ها با الگوهای تراکم نشانگری مختلف در جمعیت شبیه سازی شده یک نژاد کوچک گاو شیری (جرسی) بر قابلیت اعتماد ...

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 28  issue 2

pages  111- 126

publication date 2018-08-23

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023